Фторирование показано при повышенной чувствительности зубов, когда эмаль ослаблена и зубы реагируют на температурные изменения. Процедура рекомендуется для профилактики кариеса всем людям, особенно детям, подросткам и беременным женщинам. Показано после ортодонтического лечения, когда эмаль повреждена от брекетов, и после травм зубов. Люди с плохой гигиеной полости рта или высоким риском кариеса нуждаются в профессиональном фторировании. Процедура эффективна при эрозии эмали, вызванной кислотным воздействием (газированные напитки, кофе, рефлюкс). Фторирование показано также при опущении дёсен, когда открыты чувствительные корни зубов.

К противопоказаниям относится флюороз, когда фтор уже в избытке и дальнейшее фторирование вредно. Индивидуальная непереносимость или аллергия на фторсодержащие препараты исключает процедуру. Острое воспаление дёсен, гингивит и другие воспалительные процессы требуют лечения перед фторированием. Детям младше 2–3 лет фторирование обычно не проводят. Активный кариес нужно вылечить перед процедурой. Некоторые системные заболевания, особенно заболевания почек и щитовидной железы, служат противопоказанием. После интенсивных стоматологических процедур (отбеливание, профессиональная чистка) рекомендуется подождать несколько дней перед фторированием.